Rajah di bawah menunjukkan carta organisasi JAKIM selepas penstrukturan semula yang dikemaskini pada 17 Disember 2018.

Di JAKIM, terdapat TIGA sektor utama iaitu Sektor Dasar, Sektor Operasi dan Sektor Pengurusan.

Bagi Sektor Dasar yang diketuai oleh Timbalan Ketua Pengarah (Dasar), Puan Hakimah binti Mohd Yusoff, dibahagikan Enam Bahagian iaitu :

• Bhg. Dasar Kemajuan Islam
• Bhg. Penyelidikan
• Bhg. Keurusetiaan dan Hubungan Luar
• Bhg. Pengurusan Halal
• Bhg. Maqasid Syariah
• Bhg. Penyelarasan Penguatkuasaan dan Pendakwaan Syariah

Manakala di dalam Sektor Pembangunan Insan yang diketuai oleh Timbalan Ketua Pengarah ( Operasi ), dibahagikan kepada LIMA bahagian:-

• Bhg. Dakwah
• Bhg. Pendidikan
• Bhg. Keluarga, Sosial dan Komuniti
• Bhg. Penyiaran
• Bhg. Penerbitan

Sementara di dalam Sektor Pengurusan yang diketuai oleh Timbalan Ketua Pengarah (Pengurusan), dibahagikan kepada Empat bahagian:-

• Bhg. Pengurusan Sumber Manusia
• Bhg. Pengurusan Maklumat
• Bhg. Kewangan
• Bhg. Khidmat Pengurusan

Organisasi-organisasi berikut diletakkan secara terus di bawah Ketua Pengarah Jakim:-

• Institut Latihan Islam Malaysia (ILIM)
• Bahagian Undang-Undang
• Sekreteriat Majlis Halal Malaysia

• Darul Quran
• Institut Kemahiran Islam Malaysia Sarawak (IKMAS)
• Institut Pengajian Islam dan Dakwah Sabah (IPDAS)

• JAKIM Cawangan Sabah

• JAKIM Cawangan Sarawak
• Unit Komunikasi Korporat
• Unit Integriti

Tiga buah Masjid Utama yang dikendalikan oleh Jakim diletakkan dibawah Bahagian Dakwah JAKIM iaitu :

• Masjid Negara
• Masjid Putra
• Masjid Tuanku Mizan Zainal Abidin